Wpływ wariantów 17q21 i ekspozycji na palenie we wczesnej fazie astmy cd

Po zastosowaniu procedur kontroli jakości zachowaliśmy 36 SNP genotypowanych w 1511 osobach z 372 rodzin do analizy. Analiza statystyczna
Testowaliśmy powiązanie między SNP i astmą za pomocą metody opartej na prawdopodobieństwie, 19,20 wdrożonej w programie Powiązanie i Modelowanie Stowarzyszenia w Rodach (LAMP) do analizy rodzin o arbitralnym rozmiarze i sposobie selekcji (www.sph.umich. edu / csg / abecasis / lamp). Takie podejście zapewnia potężny test na powiązanie ze strukturami rodzinnymi podobnymi do rodzin badanych. 20 Związek został oceniony przy użyciu statystyki testu współczynnika prawdopodobieństwa, która porównuje hipotezę zerową braku połączenia i powiązania z alternatywą stowarzyszenie i powiązania. Asymptotycznie, statystyka testu stosunku prawdopodobieństwa jest dystrybuowana jako chi-kwadrat z 2 stopniami swobody w ramach ogólnego modelu efektu SNP i chi-kwadrat z stopniem swobody, gdy zakłada się konkretny model genetyczny. 19, 20 siłę związku (wielkość efektu SNP) w najlepiej dopasowanym modelu genetycznym (recesywnym), stosując stosunek oszacowań penetracji dla homozygotycznego genotypu allelu ryzyka do penetracji dla innych genotypów.
Aby zbadać heterogeniczność genetyczną według wieku wystąpienia choroby i określić punkt odcięcia dla klasyfikacji w grupie o wczesnym początku i grupie o późnym początku, przeprowadziliśmy regresję uporządkowanych podzbiorów. Osoby z astmą zostały uszeregowane na podstawie rosnącego wieku przy pierwszym pojawieniu się objawów, a logistyczna regresja stanu astmy na SNP została przeprowadzona w każdym uporządkowanym podzbioru dla określonego wieku. Zidentyfikowaliśmy podzestaw, dla którego różnica statystyk testu stosunku prawdopodobieństwa dla powiązania między podtypami specyficznymi dla wieku i próbą całkowitą była maksymalna. Znaczenie maksymalnej różnicy w statystykach testowych dla asocjacji oceniono przez permutację. Ponieważ analiza ta dostarczyła dowodów na heterogeniczność w zależności od wieku wystąpienia, porównaliśmy wyniki w grupie o wczesnym początku i grupie o późnym początku, stosując LAMP i badając chorobę w jednej kategorii wiekowej, u wszystkich osób z drugiej grupy. kategoria otrzymała nieznany status choroby. Aby formalnie przetestować heterogeniczność efektu SNP w zależności od wieku na początku, rozważaliśmy dwie niezależne próbki rodzin, z wszystkimi dotkniętymi przedmiotami w potomstwie należącym do jednej kategorii wieku początkowego.
Aby zbadać heterogeniczność genetyczną zgodnie z wczesnym narażeniem na środowiskowy dym tytoniowy, zgrupowaliśmy rodziny zgodnie ze statusem narażenia potomstwa. Wszystkie potomstwo w danej rodzinie było zgodne pod względem statusu ekspozycji w 91,2% rodzin i przyjęliśmy, że status choroby rodziców i ich wczesne narażenie na środowiskowy dym tytoniowy były nieznane. Znaczenie niejednorodności powiązania między rodzeństwem z ekspozycją na tytoń i bez takiej ekspozycji oceniano za pomocą testu stosunku prawdopodobieństwa z LAMP. Wartości P wyznaczono przez losową permutację statusu ekspozycji sibships wśród osób mających tę samą liczbę dotkniętych rodzeństwa; rozkład liczby rodzeństwa był podobny u rodzeństwa z narażeniem na dym tytoniowy oraz u osób bez takiej ekspozycji (10 000 powtórzeń)
[hasła pokrewne: allegro aktywacja, indeks barthel, korony cyrkonowe ]