Skip to content

Ekspresja genów w tkankach stałych i wynik w komórkach wątroby cd

4 miesiące ago

507 words

(Dodatkowe informacje na temat analiz statystycznych i metod analizy klonalności znajdują się w dodatku uzupełniającym.) Wyniki
Walidacja metody profilowania
Najpierw szukaliśmy metody, która byłaby odpowiednia do profilowania ekspresji genów utrwalonego w formalinie, zatopionego w parafinie materiału. Zgłoszono podejście do analizy kilkuset transkryptów w oparciu o DASL, multipleks, specyficzny dla locus test łańcuchowej reakcji polimerazy (PCR). 87,8 Jednak obiektywne odkrycie sygnatur diagnostycznych wymaga metody profilowania genomowego. W związku z tym zmodyfikowaliśmy metodę DASL do selekcji i analizy sond oraz wykonaliśmy metaanalizę bioinformatyczną, aby zidentyfikować transkrypty 6000, które wychwyciły większość wariancji ekspresji genów w ludzkim transkryptomie (patrz Dodatek dodatkowy). Ten 6000-genowy test DASL posłużył jako potencjalne narzędzie do analizy genomewidów utrwalonych w formalinie, zatopionych w parafinie tkanek. Stwierdziliśmy, że test jest wysoce powtarzalny (R2> 0,96 w eksperymentach z powtórzeniami), z całkowitym wskaźnikiem powodzenia wynoszącym 90% wśród wszystkich próbek, w tym utrwalonych w formalinie, zatopionych w parafinie bloków tkankowych zebranych przed 24 laty (patrz Dodatek Dodatek). Stwierdziliśmy, że reprezentowanie każdego transkryptu tylko jedną sondą (w przeciwieństwie do trzech, jak wcześniej zgłoszono ,7,8) spowodowało niewielką utratę wydajności testu (rysunek w dodatku uzupełniającym).
Pacjenci
Tabela 1. Tabela 1. Charakterystyka pacjentów w zbiorze treningowym i zestawie walidacyjnym w czasie operacji. Tabela podsumowuje charakterystykę kliniczną pacjentów w zestawach treningowych i walidacyjnych. Wszyscy pacjenci byli leczeni chirurgiczną resekcją chirurgiczną, po której w niektórych przypadkach następowały leczenie drugiego rzutu w czasie nawrotu.
Z założenia zestaw szkoleniowy zawierał próbki tkanki od dużej części pacjentów z bardzo wczesnym stadium raka wątrobowokomórkowego (stopień 0 BCLC), ponieważ ci pacjenci stanowią największe wyzwanie kliniczne w odniesieniu do przewidywania wyników. Rzeczywiście, żadne zmienne kliniczne, same lub w połączeniu, nie były związane z przeżyciem wśród tych pacjentów (Tabela w Dodatku Uzupełniającym). Chociaż nie było znaczących różnic między zestawem treningowym a zestawem do walidacji w odniesieniu do liczby pacjentów z zaawansowanym stadium raka (stadium B BCLC) lub stanem czynności wątroby, występowała niejednorodność między dwoma zestawami w odniesieniu do pewnych cech nowotworu , takie jak średnica i rodzaj infekcji wirusowej (tabela 1). Taka heterogeniczność może pomóc zapewnić, że predyktory molekularne będą miały zastosowanie w praktyce w heterogenicznych populacjach pacjentów.
Profile nowotworów złośliwych nowotworów wątroby
Najpierw zbadaliśmy, czy profile ekspresji genów nowotworów raka wątrobowokomórkowego były powiązane z wynikiem klinicznym. Dla każdego z 106 pacjentów w zestawie treningowym, zawierające guza części utrwalonych w formalinie bloków zatopionych w parafinie zostały makrograficznie oddalone od otaczającej tkanki wątroby. Osiemdziesiąt guzów (75%) dało wysokiej jakości profile ekspresji genów (patrz dodatek dodatkowy). Korzystając z procedury sprawdzania krzyżowego typu leave-one-out i algorytmu najbliższego sąsiada, nie udało się wykryć istotnego korelatu ekspresji genu ani nawrotu nowotworu (P = 0,22), ani przeżycia (P = 0,70) (ryc. 2A w Dodatek dodatkowy)
[więcej w: badania w rodk wzory, medicus opole rejestracja, badania okresowe jak wyglądają ]

0 thoughts on “Ekspresja genów w tkankach stałych i wynik w komórkach wątroby cd”

Powiązane tematy z artykułem: badania okresowe jak wyglądają badania w rodk wzory medicus opole rejestracja