Skip to content

Ekspresja genów w tkankach stałych i wynik w komórkach wątroby ad

4 miesiące ago

551 words

Nawet dzisiaj ogromna większość okazów jest utrwalona w formalinie; zbieranie zamrożonych tkanek nie stało się jeszcze rutynową praktyką kliniczną. Przetestowaliśmy metodę profilowania ekspresji genomewidu w tkankach utrwalonych w formalinie i zatopionych w parafinie. Zastosowaliśmy tę metodę do analizy klinicznego wyniku raka wątrobowokomórkowego.
Metody
Pacjenci i próbki
Rysunek 1. Rysunek 1. Projekt badania. W zestawie treningowym tkanka guza i wątroba sąsiadująca z guzem zostały profilowane osobno, a każdy z nich został użyty do wygenerowania modelu wyniku. Model oparty na sąsiadującej tkance wątroby został sprawdzony przy użyciu niezależnego zestawu walidacyjnego.
Zestaw treningowy składał się z próbek tkanek od 106 pacjentów, którzy byli kolejno leczeni chirurgicznie pierwotnym rakiem wątrobowokomórkowym w latach 1990-2001 w szpitalu Toranomon w Tokio i dla których dane dotyczące wyników klinicznych (ponad mediana okresu obserwacji 7,8 roku) i formaliny -stopione, zatopione w parafinie bloki guza i sąsiadujące tkanki były dostępne (ryc. 1). Zestaw do weryfikacji obejmował próbki tkanek od 234 pacjentów z rakiem wątrobowokomórkowym, którzy kolejno przeszli operację w latach 1994 i 2005: 92 pacjentów w Mount Sinai School of Medicine w Nowym Jorku, 46 w szpitalu Clínic Barcelona i 96 w National Cancer Institute of Milan ( członkowie HCC Genomic Consortium). Przeanalizowano zarchiwizowane, utrwalone w formalinie, zatopione w parafinie tkanki otrzymane w ramach rutynowej opieki klinicznej, za zgodą lokalnych komisji ds. Przeglądu instytucjonalnego pod warunkiem, że wszystkie próbki zostaną anonimowe. Bloki utrwalone w formalinie, zatopione w parafinie, otrzymane w czasie resekcji, pocięto na trzy lub cztery sekcje (każda o grubości 10 .m), makrodeksprymowano w celu wyizolowania guza i sąsiedniej tkanki wątroby i poddano ekstrakcji RNA, jak opisano w Dodatku uzupełniającym (dostępny z pełnym tekstem tego artykułu na stronie www.nejm.org).
Analiza ekspresji genów
Profilowanie ekspresji genów przeprowadzono za pomocą komplementarnego testu hybrydyzacji z udziałem DNA, selekcji, wydłużania i ligacji (DASL )7,8 (Illumina), i wybraliśmy 6100 genów informacji transkrypcyjnej do analizy (patrz dodatek dodatkowy). (Dane mikromacierzy są dostępne na stronie www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/, numery akcesyjne GSE10143 i GPL5474.) Geny, których ekspresja była związana z przeżywalnością swoistą dla choroby i czasem do wystąpienia nawrotu, zostały wybrane przy użyciu wyniku Coxa ( patrz Dodatek Uzupełniający). Wartość podpisu została oceniona na podstawie całkowitego przeżycia. Późny nawrót definiowano jako nawrót nowotworu występujący ponad 2 lata po zabiegu.9,10 Analiza powiązania wyników została przeprowadzona przy użyciu metody najbliższej sąsiada (patrz Dodatek Uzupełniający).
Analiza statystyczna
Funkcjonalną adnotację przeprowadzono za pomocą analizy wzbogacenia zestawu genów (GSEA, www.broad.mit.edu/gsea/).11 Analizy przeżycia przeprowadzono przy użyciu testu log-rank i modelowania regresji Coxa. Analizę podgrup przeprowadzono na danych od pacjentów z dłuższym okresem obserwacji (leczonych nie później niż w 2004 r.) I pacjentów z rakiem sklasyfikowanym jako stadium 0 lub stadium A zgodnie z systemem klasyfikacji klinicznej raka wątroby (BCLC) w Barcelonie, który ocenia hepatocellular raka w pięciu stadiach, w zakresie od 0 (bardzo wczesny etap) do D (etap końcowy) .1,12 Funkcja zagrożenia nawrotem guza została obliczona zgodnie z wcześniejszym opisem. 10,13 Wszystkie analizy przeprowadzono przy użyciu GenePattern14 (www. broad.mit.edu/cancer/software/genepattern/) lub pakiet statystyczny R (www.r-project.org)
[przypisy: terapia za pomocą pochyłego łóżka, allegro aktywacja, jadłospis przy niedoczynności tarczycy ]

0 thoughts on “Ekspresja genów w tkankach stałych i wynik w komórkach wątroby ad”

Powiązane tematy z artykułem: allegro aktywacja jadłospis przy niedoczynności tarczycy terapia za pomocą pochyłego łóżka